Trường THCS Lê Hồng Phong được thành lập năm từ 1965, tiền thân là trường cấp II Nam Cường thuộc xã Nam Cường, huyện Trấn Yên, tỉnh Yên Bái. Năm 1985 theo quy định mới về địa giới hành chính, trường thuộc địa bàn phường Nguyễn Thái Học thị xã Yên Bái và đổi tên thành trường Phổ thông cơ sở Lê Hồng Phong. Tháng 11 năm 1992 sau khi tách riêng trường cấp I và cấp II trường mang tên trường Trung học cơ sở Lê Hồng Phong. 
Trong suốt quá trình xây dựng và phát triển nhà trường luôn là ngôi trường điển hình trong phong trào thi đua “ Đổi mới, sáng tạo trong dạy và học” của  ngành Giáo dục tỉnh Yên Bái. Số lượng học sinh đoạt giải trong kỳ thi chọn học sinh giỏi các cấp, học sinh trúng tuyển vào trường THPT Chuyên Nguyễn Tất Thành (tỉnh Yên Bái) luôn nằm trong tốp đầu các trường THCS trong tỉnh .Từ năm 2020 được sự quan tâm của các cấp lãnh đạo tỉnh và thành phố, trường được xây dựng với quy mô hiện đại hơn, đáp ứng yêu cầu GD&ĐT của nhà trường và của ngành. Nhằm phát huy những tiềm năng, những nguồn lực sẵn có,  nhà trường không ngừng khẳng định những thành quả đã đạt được đồng thời nâng cao hơn nữa hiệu quả hoạt động trong công tác dạy và học. Trường THCS Lê Hồng Phong xứng đáng là điểm đến của thế hệ học sinh trong tương lai.